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La Hermandad tiene su origen en la Asociación fundada en la Parroquia de San Francisco de Asís del barrio de El Quemadero el 23 de septiembre de 1995 bajo el nombre de Pre-Humilde Hermandad del Santísimo Cristo de La Caridad en su Traslado al Sepulcro y María Santísima de Las Penas. Humilde Hermandad de San Francisco de Asís y Cofradía de Nazarenos del Santísimo Cristo de la Caridad en su Traslado al Sepulcro, María Santísima de las Penas y Santa Marta. En octubre de 1997 se presenta el boceto del paso de misterio en la Iglesia de San Martín de Sevilla, el cual sería realizado por el imaginero sevillano Juan Manuel Miñarro López, representando el momento en que Cristo muerto es trasladado al sepulcro por José de Arimatea, Nicodemo y San Juan, inclinada a sus pies está María Magdalena y, junto a la cruz que prende el santo sudario, delante de ella Santa Marta en actitud consoladora junto a María Santísima de las Penas y tras ellas María de Cleofás y María Salomé. La imagen de Nuestro Padre Jesús de las Penas, obra también de Álvarez Duarte, llegó a la Hermandad en 2001 habiéndo sido tallada en 1992 como regalo a la Hermandad de San José Obrero de Sevilla, frustrándose este por desavenencias con el párroco que pretendía quedársela.
El voladizo que cubrirá la grada de Tribuna, continuará hasta tapar parte de la calle, que será el acceso al hotel. Llega la talla de la Virgen en 1943, aunque no sería hasta el Jueves Santo de 1951 cuando la saquen de Estación de Penitencia por primera vez. Fue fundada en 1944 por estudiantes de medicina almerienses que residían en la ciudad de Granada (de ahí su vinculación con la Universidad de Almería) y tiene su sede en la Santa Iglesia Catedral de la Encarnación, aunque tiene mucha relación con las monjas del convento de la Inmaculada Concepción (de hecho, las monjas son visitadas cada año por los titulares en su estación de penitencia). El 8 de marzo de 2012 se bendice la imagen de Nuestra Señora de las Lágrimas, obra también de Bejarano Moreno, procesionando el Sábado de Pasión de ese mismo año junto al crucificado. El Sábado de Pasión de 2010 procesionó por primera vez la entonces Pre-Hermandad por las calles de la feligresía, haciéndolo en el primitivo paso de estilo barroco del Calvario de la Hermandad de las Angustias, obra de los talleres de Manuel Llamas Campoy y donado por la Hermandad, en el cual continua procesionando en la actualidad.
En octubre de 2002 se solicita constituirse en Hermandad, realizando su primera salida procesional con nazarenos el Sábado de Pasión de 2005 desde la Capilla del Real Hospital Provincial de Santa María Magdalena. En diciembre de 2008 se comienzan a marcar las directrices de la creación de la Hermandad, recibiendo en marzo de 2009 el permiso verbal del Obispado para preparar la documentación necesaria para legalizarla. Siete días después, el 20 de enero de 2007, la imagen que representa a Jesús clavado en la Cruz en el momento de pronunciar las siete palabras se entronizaba en la Iglesia de San Roque en el barrio de Pescadería, siendo bendecido bajo el nombre de Santísimo Cristo del Mar. La Hermandad tiene su germen en un grupo de cofrades que en el año 1995 decide solicitar la reapertura al culto católico de la Capilla del Real Hospital Provincial de Santa María Magdalena, camisetas del madrid la cual había sido cerrada 25 años antes y desde su restauración en 1985 permanecía como salón de actos. En el año 2000 se solicita la creación de una asociación privada de fieles con la intención de fundar en unos años una cofradía en torno a la dolorosa, esta es aprobada el 15 de octubre del mismo año bajo el nombre de Asociación Ntra.
Tiene su sede social en una antigua casa palacio de finales del S. XVII en la Plaza Bendicho, construcción que la hermandad adquiere en propiedad en el año 1995 y que años más tarde sometería a una profunda rehabilitación. A partir de ese año realiza su estación de penitencia desde la Iglesia Conventual de Santo Domingo el Real, Santuario de la Virgen del Mar, de nuevo ante la imposibilidad de salir de la Iglesia de San Juan por las escasas medidas de la puerta. Ese mismo año se bendicen las imágenes que completarían el misterio: las Santas Mujeres María de Cleofás y María Salomé. En sus orígenes, la Congregación realizaba cultos internos con ejercicios de preparación de los congregantes para el “bien morir” y daba culto a un crucificado y a una imagen de la Virgen de los Dolores, probablemente salida de la gubia del escultor murciano Francisco Salcillo del siglo XVIII que salió en procesión en la Semana Santa de 1929 y 1930, a petición de la Hermandad del Nazareno, a fin de realizar un encuentro a semejanza del ocurrido en la Vía de la Amargura (este tenía lugar en la Plaza de la Catedral de Almería). El crucificado titular es obra realizada en 1984 por Francisco Palma Burgos y representa el momento en el que Jesús, en la cruz, pronuncia la «primera palabra».